O Núcleo de Auditoria Interna é a unidade central do Sistema de Controle Interno do PJERJ, instituído, este, nos termos dos artigos 70 e 74 da Constituição Federal, responsável por realizar avaliações e consultorias nas áreas contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial. Sua finalidade é a de agregar valor e melhorar as operações do PJERJ, colaborando para o desenvolvimento da Governança, dos  Controles Internos e do Gerenciamento de Riscos neste órgão público.